ปัจจุบันนี้แนวปะการังน้ำตื้นทั่วโลกเป็นหนึ่งในระบบนิเวศที่ถูกคุกคามมากที่สุด จากการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ โดยเฉพาะในช่วงปี พ.ศ.2559-2560 แนวปะการังมรดกโลกเกรท แบร์ริเออร์ รีฟ (Great Barrier Reef) ในประเทศออสเตรเลีย มีการฟอกขาวอย่างรุนแรงจากน้ำทะเลที่อุ่นขึ้นจนสามารถฆ่าปะการังได้
แต่ใช่ว่าจะมีแต่แนวปะการังน้ำตื้นเท่านั้นที่อยู่ในภาวะวิกฤติ แนวปะการังน้ำลึกที่เรียกว่าเป็นเขตสลัวๆเหมือนยามพลบค่ำใต้มหาสมุทรและเป็นที่หลบภัยของบรรดาสัตว์น้ำนานาชนิดก็กำลังตกอยู่ในสถานการณ์น่าเป็นห่วงไม่แพ้กัน หลังจากทีมวิจัยที่นำโดยนักวิจัยจากสหรัฐอเมริกา ได้ศึกษาแนวปะการังที่ไม่ค่อยเป็นที่รู้จักแห่งหนึ่งซึ่งอยู่ลึกราว 30-150 เมตร ในมหาสมุทรแอตแลนติกตะวันตกและมหาสมุทรแปซิฟิก โดยลงดำน้ำสำรวจพบว่ามีปลาและปะการังน้อยกว่า 5% ทั้งในแนวปะการังน้ำตื้นและปะการังน้ำลึก จากที่ประมาณการไว้ 60-75% โดยอิงจากข้อมูลเดิมที่เคยบันทึกไว้ นอกจากนี้ บางแห่งใต้ทะเลยังพบชิ้นส่วนพลาสติกของเครื่องมือประมงติดอยู่กับแนวปะการังน้ำลึกด้วย
ทีมวิจัยเผยว่าศักยภาพของแนวปะการังน้ำลึกในการทำหน้าที่เป็นแหล่งลี้ภัยของสัตว์ทะเล มีน้อยกว่าที่คาดการณ์ไว้ เพราะแนวปะการังน้ำลึกต้องเผชิญกับภัยคุกคามของการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศพายุและมลพิษเช่นกัน ซึ่งได้มีข้อเรียกร้องการป้องกันที่ดีขึ้นสำหรับพื้นที่ดังกล่าว ไม่ว่าจะเป็นการขยายพื้นที่คุ้มครองและการห้ามใช้อวนจับสัตว์น้ำที่ลากลึกได้ถึงก้นทะเล.