การจับกุมและดำเนินคดีอาญาพระเถรานุเถระครั้งใหญ่ และบังคับให้สละสมณเพศ ทำให้เกิดประเด็นปัญหาที่จะต้องแก้ไขต่อไปหลายเรื่อง เริ่มด้วยข้อสังเกตของนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ หัวหน้าพรรคประชาธิปัตย์ ที่ว่าคดีอดีตพระพุทธะอิสระเกิดมานานกว่า 4 ปี เหตุใดจึงมาดำเนินการพร้อมกันกับคดีทุจริตเงินทอนวัด จึงเชื่อได้ยากว่าเป็นกระบวนการปกติ
ความสงสัยในความผิดปกติของคดี ถูกซ้ำเติมด้วยคำกล่าวของอดีตพระพุทธะอิสระที่ฝากถึงบรรดาลูกศิษย์ ว่าอย่าโกรธตำรวจหรือ คสช. การเข้ามาในเรือนจำยังไม่ทำให้พ้นความเป็นพระ เพราะไม่ได้เปล่งวาจาสึก รออีกไม่นานก็จะได้ออกไปห่มผ้าเหลืองเหมือนเดิม การเข้าคุกเป็นการปราบอลัชชี “ให้คิดว่ามาติดคุกขำๆ” น่าสงสัยว่ามีการเล่นละครอะไรหรือไม่
ประเด็นต่อไป จากรายงานข่าวของสื่อมวลชน ซึ่งน่าจะได้มาจากตำรวจเป็นส่วนใหญ่ ทำให้คนทั่วไปเข้าใจว่าพระเป็นผู้กระทำความผิดฝ่ายเดียวในคดีทุจริตเงินทอนวัด ทั้งๆที่ต้นตอของคดีนี้เริ่มต้นจากข้าราชการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (พศ.) เที่ยวเสนอเงินอุดหนุนวัดต่างๆ เช่นให้ 10 ล้านบาท แล้วขอคืน 8 ล้านบาท
ประเด็นที่สาม นอกจากโดนข้อหาทุจริตและฟอกเงิน ซึ่งเป็นความผิดทางอาญา ยังมีการปล่อยข่าวว่าพระผู้ใหญ่ที่ถูกกล่าวหาบางรูปมั่วสีกา แต่ไม่ได้บอกว่าเป็นใคร จึงทำให้มัวหมองโดยทั่วหน้า เป็นการกล่าวหาว่าพระต้องอาบัติปาราชิกถึง 2 ข้อ คือ ยักยอกทรัพย์และเสพเมถุน สะท้อนถึงความตกต่ำอย่างสุดๆ การหย่อนยานในพระธรรมวินัยในวงการสงฆ์
จึงนำไปสู่ประเด็นที่สี่ คือ เสียงเรียกร้องให้ปฏิรูปคณะสงฆ์ ผลการสำรวจความเห็นของประชาชน โดยนิด้าโพล เมื่อปี 2560 คนส่วนใหญ่เรียกร้องให้ปฏิรูปวงการสงฆ์เร่งด่วน และเห็นว่าการปกครองคณะสงฆ์ของมหาเถรสมาคมขาดประสิทธิภาพ ส่วนเรื่องที่ควรปฏิรูป ได้แก่ กฎหมาย และองค์กรที่เกี่ยวข้อง เช่น มส. และ พศ. และบังคับใช้พระวินัยโดยเคร่งครัด
...
ประเด็นที่ห้า มาจากแถลงการณ์ของสมาคมเปรียญธรรม 9 ประโยค กล่าวว่าการที่เจ้าพนักงานของรัฐกล่าวหาพระสงฆ์ ในทางอาญา และบังคับให้สละสมณเพศ เป็นการละเมิดสิทธิเสรีภาพบุคคลตามรัฐธรรมนูญหรือไม่ เพราะในทางพระวินัย จะจับพระสึกได้เฉพาะเมื่อต้องอาบัดปาราชิก จึงเรียกร้องให้องค์กรชาวพุทธทั่วประเทศ ร้องต่อศาลรัฐธรรมนูญให้วินิจฉัย
ขณะนี้คดีอยู่ในขั้นพนักงานสอบสวนหรือตำรวจ ยังไม่ถึงอัยการด้วยซ้ำ แต่ผู้ต้องหาถูกจับสึกแล้ว แม้จะยังไม่มีคำพิพากษาถึงที่สุด พระภิกษุที่เป็นจำเลยอาจกลับมาบวชอีกได้ ถ้าศาลพิพากษาถึงที่สุดว่าไม่ได้กระทำความผิด แต่เมื่อบวชใหม่ต้องเริ่มต้นนับพรรษาใหม่ สูญเสียสิทธิที่เคยมี 40–50 พรรษา รวมทั้งสมณศักดิ์และตำแหน่งต่างๆ ใครจะเป็นผู้รับผิดชอบ.